Der Auftrag des Marinearsenals (MArs) blieb trotz der vielen Veränderungen seit seiner Gründung im Jahr 1957 unverändert: die Betreuung aller schwimmenden Einheiten der Deutschen Marine weltweit und jederzeit durch Reparatur und Wartung. Dabei stellt das MArs gemeinsam, transparent und zuverlässig mit dessen Partnern innerhalb und außerhalb der Bundeswehr die materielle Einsatzbereitschaft der Deutschen Marine sicher.
Den Umfang dieser Einsatzbereitschaft definierte der Inspekteur der Deutschen Marine, Vizeadmiral Jan Christian Kaack, mit der Initiative „Route 66“: Zwei Drittel der Bestandsflotte muss für die Deutsche Marine jederzeit operativ verfügbar sein. Das bedeutet, dass maximal ein Drittel der Einheiten sich in der Instandhaltung, im MArs oder bei den beauftragten Werften befindet. Die Aufgaben des Marinearsenals umfassen die Durchführung planmäßiger Instandhaltungsvorhaben der Schiffe und Boote, die Sofortinstandsetzung an Bord, nichtplanmäßige Instandhaltungsvorhaben, kontinuierliche technische Anpassungen durch Produktänderungen und die Wahrnehmung wehrtechnischer Aufgaben, z. B. Unterstützung der Projektleiter.
Diese Aufgaben erfüllen die Beschäftigten des MArs an allen drei Standorten in einem komplementären Ansatz. Jeder dieser drei Standorte verfügt über einzigartige und spezielle Instandhaltungsfähigkeiten und -kapazitäten, die in ihrer Gesamtheit und in ihrem Zusammenwirken die Stärke des Arsenals ausmachen. In Friedenszeiten stehen beim MArs planmäßige Instandsetzungen der seegehenden Einheiten der Marine im Vordergrund; hingegen in Krise und Krieg im Gemäß der Weisung der Präsidentin des Bundesamtes für Ausrüstung, Informationstechnik und Nutzung der Bundeswehr wird sich das Marinearsenal in den nächsten drei bis fünf Jahren kriegstüchtig aufstellen. Die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der Dienststelle arbeiten nun mit Hochdruck an der Umsetzung dieser Weisung.